骨髓移植之前所使用的調(diào)理療方常導(dǎo)致掉發(fā)、食欲不振、口干、惡心、嘔吐、口腔潰瘍、腹瀉，以及感染的風(fēng)險增加。這些副作用大多可通過藥物來處理。在干細(xì)胞植入期間，接受者的免疫系統(tǒng)是被抑制的，因此必須非常謹(jǐn)慎照護(hù)，防止接受者遭到感染；抗生素、抗病毒藥物、以及抗霉菌的藥物治療皆是標(biāo)準(zhǔn)照護(hù)的一部分。正因如此，為使病患能被密集地受到照護(hù)，病患在干細(xì)胞植入期間通常是要住院的。在此期間，病患將無法制造紅血球和血小板，且可能需要接受支持性輸血來補充。在移植之后常會感到疲倦好幾個月。
異體移植（而非自體移植） 另一個重要且有潛在嚴(yán)重后果的是產(chǎn)生移植物對抗宿主疾病（
GVHD）。自有血緣關(guān)系者接受異體移植的病患當(dāng)中，有20-50%會產(chǎn)生
GVHD。自無血緣關(guān)系者接受異體移植的病患有更高比例會產(chǎn)生GVHD。GVHD乃T細(xì)胞（白血球的一種）引起。T細(xì)胞已設(shè)定程序可辨識哪些是屬于自己、哪些不是。當(dāng)它們偵測到對自己而言是外來者的時候，會警示免疫系統(tǒng)來摧毀此外來者。當(dāng)捐贈者的細(xì)胞移植進(jìn)入接受者體內(nèi)時，也包含了一些捐贈者的T細(xì)胞。這些捐贈者T細(xì)胞會將病患（接受者）的器官和組織視為外來物，并警示免疫系統(tǒng)來攻擊病患（接受者）的器官和組織。由于GVHD在異體移植是相對常見的，因此醫(yī)療團隊會更密切注意病患這方面的問題；然而，有時這些癥狀會直到病患接受移植自醫(yī)院返家后才發(fā)生。
移植物對抗宿主疾?。℅VHD）有兩種：急性GVHD和慢性GVHD。病患可能遭遇其中的一種，或兩者都發(fā)生，或是兩者皆未發(fā)生。急性GVHD通常在移植后3個月內(nèi)發(fā)生。開始的癥狀通常是病患背部、腹部、或手腳有輕微或不明顯的皮疹；皮疹會擴散開來，最后就像曬傷一樣剝落或起水泡。急性GVHD可能導(dǎo)致胃痛和腹痛、嘔吐、抽筋、惡心，以及水樣或血性腹瀉。也可能影響肝臟，有時會導(dǎo)致口腔潰瘍。為減少發(fā)生急性GVHD的風(fēng)險，通常會給病患很強的免疫抑制藥物，例如合并環(huán)孢素和甲氨蝶呤、或合并他克莫司和甲氨蝶呤，或是合并環(huán)孢素和嗎替麥考酚酸酯使用。通常也會加上強的松。
如果病患產(chǎn)生慢性GVHD，通常是在移植后3-18個月內(nèi)發(fā)生。如果病患曾發(fā)生急性GVHD，則發(fā)生慢性GVHD的風(fēng)險最高。慢性GVHD可能持續(xù)幾個月甚或幾年，且會影響身體許多器官，但通常是影響口腔、皮膚、眼睛和/或肺部。控制慢性GVHD最常使用的藥物是環(huán)孢靈、強的松、嗎替麥考酚酸酯和雷帕霉素。另外也會視被攻擊的組織為何來做額外的處方治療。使用這些免疫抑制藥物會導(dǎo)致移植病患受感染的風(fēng)險增加，因此病患必須謹(jǐn)慎監(jiān)控自己的癥狀并保持高度的警覺性。
